今度は VMware Workstation

ゲスト OS の複数スナップショットを酷使していると、作業ディレクトリがフラグメンテーションしてきて、物理ディスクを圧迫するようになります。スナップショットのあるゲスト OS のディスクをシュリンクすることはできないのです。ワークディスクだけでも、スナップショップから外すというのは可能でしょうか?

調べたら、仮想ディスクを作成するときに「独立」を選べば良いみたいですね。
ただし、スリープさせたままスナップショットを移動すると、ディスクがマウントされたままなので不整合を起こすかも知れません。一度ゲスト OS をシャットダウンしてからスナップショット移動したほうが吉だと思います。
もし可能なら、スナップショットをとる必要のないデータはホスト OS に置いたほうが良いんでしょうけどね。ホストが Windows でゲストが Linux だと、NTFS 上に作業データを置くのは、パーミッションの問題なのでちょっと不安。
もし、メモリおよび CPU お大尽であれば、専用の仮想 OS で Linux NFS ファイルサーバーを作るという手もありますね。やり過ぎかな?